電子レンジの調理方法についても発展が見られた。高機能化した電子レンジではなく単機能の電子レンジであっても、従来の「冷めた料理を温める」「冷凍食品を解凍する」といった使い方のほかに、加熱調理器具としての位置づけも獲得してきている。
電子レンジであたためを行う場合、通常は器にラップをかけて行う。これにより、食品をあたためた場合に発生する水蒸気を副次的に利用し、蒸すのに類似した効果も同時に得ることができる。
水分の蒸発による食材のパサつきも抑えることになる。ただし、水分量が多いとふやけてしまうような食材（パンや揚げ物など）は逆にラップをかけないで、食品の下にクッキングシートをひいて余計な水蒸気を逃がし食品を皿の上で結露した水によってふやかさせないなどの工夫も行なわれる。
野菜、とくに火が通りづらい根菜類をあたためることで、温野菜を作ることができる。これは食材のしたごしらえとしても行われる。最近はレンジパックなどの、より簡単に温野菜をつくれる調理グッズも出てきている。
ケーキのようなものも、電子レンジを用いて作ることができる。食感は蒸しケーキに似る。
サツマイモのような、水分の少ない食材を暖める場合は、全体を霧吹きなどで濡らし、水分を補ってから新聞紙かラップにくるんでから暖める。中華まんの場合は水をかけてからラップでくるんで加熱される。
なお、電子レンジ調理は通常の加熱調理などとは異なり、特定部分だけが加熱されたり、食材の内部から加熱されるような動作をする。この点は火が通りにくい食材を加熱する場合のメリットともなる反面、その特性を理解しない利用によりトラブルの原因となることもある。
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電子レンジ調理の際、容器自体は加熱されないが、食品から熱が伝達して容器が熱くなる場合があるので、容器の耐熱性や取り扱いには十分注意する。必要に応じて鍋掴みを用いたり、あら熱を取ってから食品を取り出すようにすることも火傷の事故を防ぐ手段となる。
密封された冷凍食品や透明袋入りのレトルト食品を加熱する場合は、パッケージの指示に従って、一部を切るなど、蒸気の逃げ場を作る必要があり、これを怠ると容器が破裂する場合もある。スナックフードなどプラスチック袋で包装されたものなども同様で、パンパンに膨れたパッケージを破る際には蒸気でやけどする場合があるため、加熱前に穴をあける。
レトルトカレーなど遮光性を目的としたアルミ蒸着フィルム（不透明なもの）のレトルトに入った食品は加熱できないため、事前に陶器などの容器にあけて加熱する必要がある。
縦長のコップなどの深い容器で液体を加熱すると、突沸と呼ばれる沸点にある液体が外部からの振動などの刺激により、突然爆発したかのように沸騰する現象が発生する危険性があるので注意が必要である。加熱後に取り出そうとして突然の沸騰に驚いて容器を倒し、こぼれた中の液体で火傷する危険もある。
基本的に、電子レンジで液体（飲み物）を沸騰させるようなことは避けた方が望ましい。湯を沸かすための広口の専用容器を附属している場合は、指定の容器を使うことが望ましい。
他にも、電子レンジ加熱に不向きな食品や、過剰な加熱でトラブルを起こす食品もある。
膜や殻で覆われているもの（鶏卵、銀杏、栗、ソーセージ、飴など）は破裂する危険があるので、これらの食品は極力電子レンジで調理しないこと。やむをえない場合は蒸気を逃がす穴や切れ目をつくる必要がある。殻が無くてもおでんの卵・スコッチエッグなど調理済みの卵料理も「加熱されたところほど固くなる」という性質もあり注意が必要。大きな塊の肉料理も過度に加熱すると破裂することがある（豚の角煮やラフテイなど）。
炭化した物（焦げのあるもの・焼き芋など）を長い時間温めると、スパークを起こして発火し調理中に燃え出す可能性がある。
加熱はできるが焦げ目はつかないため、トーストはうまく作れない。生地が乾燥し噛み切れなくなる。ただし冷凍食品の中には「焦げ目がつくよう工夫されたもの」も存在する。
なお、揚げ物料理（フライ・カツレツ・コロッケ・天ぷらなど）を温めなおす場合、クッキングシートと呼ばれる特殊加工された紙を皿の上に敷いて加熱すると比較的揚げ立ての風味（食感）を保ったまま加熱することが可能である。余剰な水蒸気がクッキングシートを通り抜け、皿の表面で結露しても揚げ物をふやかせることないためである。これは冷凍したパンの解凍においても同様であるが、加熱時間が長過ぎるとパンが乾燥してしまう場合もある。